Por partes:

- cada vez q eliges un servidor en el jajc

¿Es que te creas cuentas todos los dias? Tal como lo dices, así parece. Extrapolando: ¿te creas cuentas de correo todos los días? ¿Te registras nuevos apodos en las redes de IRC a diario? Supongo que no, te registras en uno y, solo en alguna ocasión, te registras en otro sitio.

- te cambia toda la configuracion de transportes que tenias con otro servidor

En Jabber todos tus datos de usuario, la vCard, la lista de contactos, los datos de los transportes, se almacenan en el servidor Jabber. Aquel en el que te hayas creado la cuenta, evidentemente. Por tanto, cuando te creas una cuenta nueva en otro servidor no es que te 'cambie la configuración', simplemente es que esa nueva cuenta es nueva, por tanto está vacía, por tanto no hay nada. No es que JAJC te haya borrado nada.

- hay alguna forma de arreglar esto?

Por tanto, tu pregunta está mal formulada, ya que no es un error o defecto de nadie, ni de Jabber ni de JAJC. No hay nada que 'arreglar' porque no hay nada estropeado. Supongo que no conocias como funcionaba, y te llevaste a error pensando que JAJC operaba incorrectamente.

- me gustaria usar la misma configuracion independientemente del servidor que use

Eso entra en el terreno de los transportes, que no se como estará el tema para ir trasladando las configuraciones dia sí dia también a cuentas nuevas.

Espero que al menos tengas un poco más claros algunos conceptos y de esta forma puedas resolver tus cuestiones con los transportes.