No entendí bien la pregunta, pero ahí va:

Jabber es un protocolo decentralizado. Por tanto, puedes tener un servidor aislado de Internet si quieres.

Que yo sepa MSN Messenger no es un protocolo decentralizado, por tanto no puedes aislar a sus usuarios de Internet.

Si tus usuarios ya usan MSN, ¿para qué metes a Jabber en el berenjenal? Si quieres tener el control, capacidad para impedir que se conecten a Internet, tendrás que desechar MSN, y quedarte con Jabber.