Quería saber si puedo crear una sala de charla permanente.

Sí. Con un cliente Jabber que soporte MUC puedes administrar la sala. Entre otras cosas, hacerla permanente.

¿Alguna de estas dos formas de entrar por web rápidamente a una sala es factible? # Añadiendo un campo "sala" en el login de Jwchat

Habría que modificar el código fuente de JWChat. Si entiendes de Javascript...

Añadir a una sala como contacto, o como un bot, para que esté en el roster y entrar sea cuestión de un par de clicks

Se puede añadir como un marcador (bookmark) y aparece en la lista de contactos. Solo falta que el cliente Jabber lo permita. Si lo permite, cuando conectas basta con pulsar sobre ese 'contacto' y deberia entrar en la sala.

Aparte de modificar JWChat y hospedarlo en tu servidor web, puedes echar un vistazo a los clientes Jabber en Java (Jeti y JBother creo que se llaman). Quizá hagan todo lo que quieres, sin necesidad de modificar código. Concretamente Jeti está traducido al castellano, y está disponible como applet.

Por último comentar que hay un programa aún en fase de experimentación llamado MUCkl (sitio de prueba). No se si te sirve. Si estás interesado en instalarlo en tu servidor coméntalo.

Para notificar la presencia en un foro en php (sería con Eduardo, claro), ¿es una brecha de seguridad que los usuarios pongan como avatar (o firma) una página dinámica?

Creo que no entiendo la pregunta. Eduardo, Edgar y cualquier otro bot que publica tu presencia en la web solo atiende a la presencia (conectado, ausente, muy ausente...) y al mensaje de estado (que es una cadena de texto) que tu le envias cuando te conectas, desconectas, etc. ¿Dónde podría estar el problema?